A folyó Szlovákiában eredő vizeket vezet a Balti-tengerbe. A Fehér- és Fekete-Dunajecből valamint a Bialka-patakból és a jobboldali Javorinka-patakból kialakult folyó a Pienin-hegység vizeit vezeti el. Nowy Targig kelet felé tart, Szlovákiából jobb oldalról belefolyik még három vízfolyás (Osztornyai-patak (Kacvini-patak), Rieka- és Lipnik-patak (potok Rieka a Lipník)).
   
További útján a mészkőben a Dunajec egy romantikus szorost vájt ki, amelyet Dunajec-áttörés néven ismerünk. A szoros után északnyugat felé fordul, majd Gorcét áttörve az újszandeci medencében belefolyik a legnagyobb mellékfolyója, a Poprád. Ezután 40 km-rel tovább beletorkollik a Viszlába.
   
A Dunajec-áttörés 360 hektáron természetvédelmi terület. Növényzete jelentős, tája nagyon szép. Szlovákia 361 km2 területének vizeit vezeti le, és csaknem 20 km hosszan a szlovák-lengyel államhatárt is alkotja.
   
A Dunajec-áttörésen egy tanösvény vezet, amelynek 10 megállója van. A dunajeci tutajozás is nagyon érdekes, ez a helyi turista attrakció.