Das Rote Kloster liegt im Norden der Zips am Flußufer des Dohnst (Dunajec) in der Nähe eines Ortes gleichen Namens.
   
Hier lebten von 1320 bis 1563 Mönche des Kartäuserordens (gegründet 1084 vom Hl. Bruno). Die Kartäuser gründeten ihr erstes Kloster auf dem Gebiet der heutigen Slowakei im Jahre 1305 in den Bergen des Slowakischen Paradieses in der Nähe des Ortes Lettensdorf (Letanovce): Kloster Zufluchtsstein (Kláštorisko). Als die Mönche später Land in dem Pieninen-Gebirge bei Lechnitz (Lechnica) bekamen, begannen sie mit der Errichtung eines zweiten Klosters, wegen des roten Daches „Rotes Kloster“ genannt.
   
Beide Klöster waren tief im Wald gelegen, weil ihre Mönche Ruhe und Stille für ihre Meditationen und asketische Lebensführung brauchten. Viel Zeit widmeten sie der Abschrift von Büchern. Mit der Zeit erhielten sie von den polnischen und ungarischen Königen gewisse Privilegien, wie das Recht, in der Dohnst (Dunajec) zu fischen, oder das Recht, Bier zu brauen oder auch Wassermühlen zu bauen.
   
In der ersten Hälfte des 16. Jahrhunderts, in den politisch unsicheren Zeiten der Reformation, ging es mit den Kartäuserklöstern in der Zips abwärts. Das Kloster Zufluchtsstein wurde 1543 von dem Raubritter Matej Bašo gebrandschatzt und völlig ausgeplündert. Die Mönche flohen in die Pieninen ins Rote Kloster, aber 1545 wurde auch dieses von Soldaten der Burg Nedeca so ausgeplündert, dass ein weiteres Bleiben unmöglich wurde. 1563 entschied dann König Ferdinand I., das Kartäuserkloster im Dorf Lechnitz (Lechnica) aufzulösen.
   
Das Rote Kloster wurde dann später, im Jahre 1711, dem Orden der Kamaldulenser (gegründet 1012 von Romuald von Camaldoli) übergeben, die hier bis 1782 waren.
   
Es war der Bischof von Neutra (Nitra), Ladislav Maašovský, der das Kloster den Kamaldulensern schenkte. Schnell wurde mit dem Wiederaufbau begonnen, nun in barockem Stil: zwei neue Häuser für die Mönche, ein barocker Glockenturm und die Renovierung der Kirche wurde in Angriff genommen. Die Kamaldulenser lebten wie die Kartäuser, als Einsiedler und zurückgezogen, ein asketisches Leben. Sie betrieben eine Imkerei, pflanzten Heilkräuter an und kümmerten sich um die kranken Menschen. 1754 gründeten sie eine Apotheke, die sogar über die Grenzen hinweg berühmt wurde, besonders zur Zeit der Leitung unter dem Mönch Cyprián (1756-1775).
   
Unter Kaiser Joseph II. wurde das Kloster im Zuge der Säkularisation im Jahre 1782 aufgelöst.